1959年1月，中醫(yī)病房成立，鄭更生等醫(yī)師主持工作，臨床開(kāi)展中西醫(yī)結(jié)合對(duì)冠心病的治療，并開(kāi)設(shè)了針灸門(mén)診。1969年，開(kāi)設(shè)中醫(yī)門(mén)診，由鄭更生、王新琴等醫(yī)師運(yùn)用針灸、水針相結(jié)合的方法治療風(fēng)濕性心臟病，取得了一定的社會(huì)效應(yīng)。1982年4月，病房擴(kuò)展，重新設(shè)立命名為中西醫(yī)結(jié)合病房，主要收治普肺、肺部腫瘤、心律紊亂、冠心病等病患。1990年11月，正式成立中醫(yī)科，任命顧夢(mèng)彪為科主任。1994年4月，中醫(yī)科改為中西醫(yī)結(jié)合科。1995年，任命金長(zhǎng)娟為主任，同年開(kāi)設(shè)專(zhuān)家門(mén)診。2012年，任命張銘為主任繼續(xù)主持中西醫(yī)結(jié)合科工作。現(xiàn)有病床24張，2012年底將喬遷至新樓，病房將進(jìn)一步擴(kuò)展至45張床位。 　　經(jīng)過(guò)40多年的發(fā)展，中西醫(yī)結(jié)合科已成為上海市胸科醫(yī)院臨床學(xué)科的重要組成部分。長(zhǎng)期從事中醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合治療支氣管肺癌、食管癌的醫(yī)療、科研工作，整體水平處于國(guó)內(nèi)領(lǐng)先地位。2012年獲國(guó)家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點(diǎn)專(zhuān)科建設(shè)單位。目前，擁有主任醫(yī)師1名，副主任醫(yī)師2名，主治醫(yī)師4名，住院醫(yī)師1名（醫(yī)學(xué)博士2名，在讀博士1名，碩士2名）。 　　主要在支氣管肺癌、食管癌、支氣管擴(kuò)張、病毒性心肌炎、慢性心力衰竭等心胸疾病以及晚期腫瘤的腦、骨轉(zhuǎn)移的治療中積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。

1957年上海市胸科醫(yī)院研制成功我國(guó)首臺(tái)人工心肺機(jī)，并實(shí)施了首例先天性心臟病（簡(jiǎn)稱(chēng)：先心病）心內(nèi)直視手術(shù)，于世界首例體外循環(huán)心內(nèi)直視手術(shù)僅相差5年時(shí)間，標(biāo)志著該院在先天性心臟病的外科治療方面當(dāng)時(shí)已邁進(jìn)國(guó)際一流水準(zhǔn)，美國(guó)《體外循環(huán)》專(zhuān)著（第一版）收錄了這項(xiàng)工作的相關(guān)圖片和文字說(shuō)明，為我國(guó)在世界心臟外科領(lǐng)域贏得了聲譽(yù)，奠定了上海市胸科醫(yī)院作為我國(guó)心臟外科開(kāi)拓者的歷史地位。2003年美國(guó)心臟外科權(quán)威性期刊《THE ANNUALS OF THORACIC SURGERY》12月刊《EVOLUTION OF CARDIOVASCULAR SURGERY IN CHINA》（中國(guó)心血管外科發(fā)展史）一文中，對(duì)上海市胸科醫(yī)院為中國(guó)心血管外科的創(chuàng)立和發(fā)展所作的貢獻(xiàn)給予了高度評(píng)價(jià)，這一切都使于該院在先心病領(lǐng)域開(kāi)拓性的工作。 　　1977年醫(yī)院專(zhuān)設(shè)了診治先天性心臟病的小兒心臟外科病區(qū)，成為我國(guó)最早設(shè)立這一學(xué)科的心臟中心之一，并迅速發(fā)展為國(guó)內(nèi)診治先心病的權(quán)威性醫(yī)療機(jī)構(gòu)，上世紀(jì)80年代至90年代早期，小兒心臟外科針對(duì)法洛氏四聯(lián)癥，右室雙出口，心內(nèi)膜墊缺損，單心室，室缺重度肺高壓等復(fù)雜重癥進(jìn)行了前沿性的研究診治工作，取得了一系列重要成果，并在國(guó)際權(quán)威性期刊《THE ANNUALS OF THORACIC SURGERY》上發(fā)表。在此基礎(chǔ)上，1995年小兒心臟外科正式成為二級(jí)科室，學(xué)科建設(shè)又邁出了重要一步。 　　2000年后，為落實(shí)全院建設(shè)“亞洲一流胸心精品專(zhuān)科醫(yī)院”的目標(biāo)，小兒心外科緊密跟蹤當(dāng)今國(guó)際先心病治療的最新發(fā)展動(dòng)態(tài)，不斷向低齡低體重和復(fù)雜先心病治療領(lǐng)域開(kāi)拓，并取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步。嬰兒期先心病的外科診治已成常規(guī)項(xiàng)目，最小體外手術(shù)成功年齡為出生18天，體重2.7公斤。科室在常見(jiàn)先天性心臟病診治領(lǐng)域不斷進(jìn)取，推陳出新，相繼開(kāi)展了體外循環(huán)下先心微創(chuàng)手術(shù)，非體外循環(huán)下外科微創(chuàng)房間隔缺損封堵手術(shù)。2007年初始，又進(jìn)一步探索并成功實(shí)施非體外循環(huán)下外科微創(chuàng)膜部室間隔缺損封堵手術(shù)，成為現(xiàn)今國(guó)內(nèi)外最先實(shí)施此手術(shù)的中心，為此病種的治療又開(kāi)辟一條嶄新的途徑，徹底改變了傳統(tǒng)的體外手術(shù)模式，目前全科又全力以赴展開(kāi)國(guó)際最前沿Hybrid手術(shù)的臨床研究工作。 　　與此同時(shí)，在復(fù)雜先心病領(lǐng)域，法洛氏四聯(lián)癥糾治術(shù)手成功率已接近97%。針對(duì)復(fù)雜先心難題之一小兒瓣膜病變，開(kāi)展了主動(dòng)脈瓣及二尖瓣的成形術(shù)，二尖瓣成形術(shù)最小手術(shù)體重5公斤。在單心室診治方面，突破傳統(tǒng)的限制，實(shí)施了一系列復(fù)雜條件下單心室的一期或分期全腔肺生理性糾治術(shù)，如一側(cè)肺動(dòng)脈離斷，經(jīng)重建后分期實(shí)施全腔肺糾治術(shù)等。此外，在右肺動(dòng)脈起源升主動(dòng)脈，完全性混合性TAPVC等罕見(jiàn)復(fù)雜先心病例治療方面，也不斷取得成功。具統(tǒng)計(jì)，小兒心外科2001—2013年手術(shù)成功率為98.5-100%,始終保持國(guó)內(nèi)先心病治療的先進(jìn)行列，并逐步向國(guó)際接軌。